El osario municipal de las Catacumbas es uno de los osarios más importantes del mundo y figura en la corta lista de osarios subterráneos. Antes de su apertura al público, en 1809, el inspector Héricart de Thury lleva a cabo una reorganización decorativa y lo transforma atendiendo a una visión museográfica y monumental.

Los huesos, que hasta ese momento yacían esparcidos por doquier, se colocan cuidadosamente tomando como modelo los pequeños muros de la cantera. En la fachada, las filas de tibias se alternan con filas de cráneos, mientras que tras los paramentos se apilaron los huesos restantes, a menudo muy fragmentados como consecuencia de su caída. Asimismo, a lo largo del recorrido, se dispusieron construcciones de albañilería de estilo antiguo y egipcio con formas de columnas dóricas, altares, cipos o sepulturas. A determinadas zonas se les dieron nombres inspirados en la literatura religiosa o romántica y de la Antigüedad: el sarcófago de Lacrimatorio, la fuente de la Samaritana o la lámpara sepulcral, por ejemplo. Deseoso también de aportar una dimensión educativa al recorrido, Héricart de Thury hizo construir vitrinas inspiradas en las vitrinas de curiosidades, una dedicada a la mineralogía y otra a la patología. Esta última mostraba especímenes relacionados con las enfermedades y las deformaciones óseas según las investigaciones que el doctor Michel-Augustin Thouret llevó a cabo en 1789. La última herramienta pedagógica es el conjunto de placas adornadas con textos religiosos y poéticos repartidas por las galerías, concebidas para sumergir al visitante en un estado de introspección y reflexión ante la muerte.

Las Catacumbas de París han sido objeto de varios estudios sobre el medio subterráneo. Poco después de su inauguración, dos investigadores del Museo Nacional de Historia Natural mostraron un interés especial por el lugar: Jacques Maheu, botánico, estudió la flora en entornos privados de luz, y Armand Viré, espeleólogo y naturalista, puso en evidencia la existencia de crustáceos cavernícolas. Héricart de Thury también llevó a cabo un experimento en 1813: introdujo cuatro carpas doradas en la fuente de la Samaritana; los peces sobrevivieron pero no se reprodujeron y terminaron quedándose ciegos. En 1861, fue Félix Tournachon, más conocido por el nombre de Nadar, el que experimentó durante tres meses con la toma de imágenes con luz artificial. Como el tiempo de exposición debido a las condiciones de oscuridad era demasiado largo, el fotógrafo utilizó maniquíes para que representaran a los obreros en su entorno de trabajo. En la actualidad, los estudios sobre las patologías continúan durante las campañas de consolidación del osario. La conservación preventiva de los huesos en un entorno subterráneo muy húmedo, el respeto de los restos humanos y la puesta en valor del patrimonio geológico, arqueológico e histórico constituyen un auténtico reto para las Catacumbas de París. 

Por extensión, el término «Catacumbas París» –nombre propio atribuido a la parte de la cantera transformada en osario en XVIII– se utiliza actualmente por error para designar las canteras que recorren el subsuelo de París y, en ocasiones, rebasan los límites de la propia ciudad.