Entre el nivel de la calle y el de las Catacumbas se suceden capas de roca que representan casi 45 millones de años.

En esta edad geológica, París y sus alrededores estaban sumergidos bajo un mar tropical. En su fondo marino se acumularon varios metros de sedimentos y lodos que, con el tiempo, se fueron calcificando. El nivel de las Catacumbas se corresponde a este estrato calizo que representa el periodo «Luteciano», en referencia al nombre con el que se conocía a la ciudad de París en la época romana: Lutecia. Con una antigüedad de entre 48 y 40 millones de años en la escala geológica, esta capa está distribuida entre el

Luteciano superior, medio e inferior. Las canteras ocupan los niveles superior y medio, mientras que, en el interior del recorrido del osario, un pozo de agua conocido por el sobrenombre de «baño de pies de las canteras» desciende hasta el nivel inferior. En este preciso lugar es donde se identificaron y describieron todos los estratos de la capa, de ahí que se haya convertido en un referente internacional en materia de secciones geológicas.

De este modo, el Luteciano se compone de restos fosilizados de gran diversidad marina. Entre las criaturas catalogadas figura el gasterópodo más grande de todos los tiempos, el Campanile giganteum, que mide unos 70 cm de largo. Con la progresiva retirada del mar, la fauna marina dejó depósitos ricos en fósiles en las capas calcáreas compuestas por cerítidos y gasterópodos, que actualmente nos encontramos en el recorrido de las Catacumbas. 

La capa luteciana también se encuentra en el origen de la paleontología moderna de los animales invertebrados gracias a Jean-Baptiste de Monet, caballero de Lamarck, que recopiló una colección de más de mil especies de fósiles marinos de la cuenca parisina. El naturalista propondrá, a partir de 1809, una primera teoría de su evolución.

Encontramos en París gran variedad de sedimentos que, desde la Antigüedad, han servido como fuente de abastecimiento de importantes cantidades de materiales de construcción, como la arena, el gres, la arcilla y el yeso. Sin embargo, fue la capa calcárea luteciana, llamada «piedra de París», la que se convirtió en la principal fuente de suministro de piedra de construcción hasta principios del siglo XX. Esta piedra de gran calidad empieza a explotarse desde la Antigüedad en canteras a cielo abierto, en los afloramientos naturales del valle del Bièvre, y se utilizó para construir los monumentos de Lutecia. Tras un abandono parcial en la época merovingia, la extracción se reinicia durante la Edad Media, cuando se acometieron las grandes obras de construcción de las iglesias parisinas, el Palacio del Louvre y las murallas de la ciudad. 

Las canteras antiguas, que llegaron a alcanzar profundidades excesivas, evolucionan progresivamente hacia una explotación subterránea que supuso la excavación de galerías para llegar a las capas más inaccesibles en la roca. Para sostener los techos de las galerías, se colocaron pilares y, en el siglo XV, se puso en marcha un sistema de pozos para subir la piedra con mayor facilidad.

El método de explotación por corte y relleno se desarrolla a finales de la Edad Media. Consiste en extraer toda la piedra de la cantera sin dejar ningún soporte y consolidar el techo de la galería construyendo pilares denominados «de sillería». Entre ellos, se construyeron pequeños muros para contener los rellenos de talla y facilitar la circulación por el interior de la cantera. Lamentablemente, las autoridades parisinas no supervisaron de cerca la excavación de estas galerías y las canteras de París se clausuraron definitivamente por medio del decreto de 15 de septiembre de 1776, tras producirse numerosos desplomes en el centro de la ciudad. 

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