À la fin du XVIIIe siècle de grands problèmes de salubrité liés aux cimetières de la ville entraînent la décision de transférer leurs contenus sous terre. Les autorités parisiennes choisissent un site facile d’accès, situé alors en dehors de la capitale : les anciennes carrières de la Tombe-Issoire, sous la plaine de Montrouge. Les premières évacuations ont lieu de 1785 à 1787 et touchent le cimetière le plus important de Paris, les Saints-Innocents.
Le site est consacré "Ossuaire municipal de Paris" le 7 avril 1786 et s’approprie dès ce moment le terme mythique de "Catacombes", en référence aux catacombes de Rome, objet de fascination publique depuis leur découverte. À partir de 1809, les Catacombes deviennent accessibles au public sur rendez-vous.